A recuperação de auxílios incompatíveis com o direito europeu na Zona Franca da Madeira (Regime III) permanece um procedimento com incertezas jurídicas relevantes.
Têm proliferado decisões judiciais nacionais com importantes clarificações a respeito da aplicação de garantias do contribuinte. Nos Tribunais superiores, têm sido positivas quanto à salvaguarda dos direitos das entidades beneficiárias. Porém, diversos outros casos ainda pendentes junto do TJUE poderão ter um impacto significativo na estabilização jurídica das normas em jogo.

ENQUADRAMENTO

Como é do conhecimento geral, foi conhecida, ainda em 2022, a decisão integral da Comissão Europeia referente ao regime de auxílios concedidos a empresas na Zona Franca da Madeira (ZFM) - Regime III. Nesta decisão, a Comissão Europeia considerou, pelos motivos aí elencados, que o regime estava a ser aplicado em sacrifício das regras europeias referentes a auxílios de Estado, impondo ao Estado Português a obrigação de proceder à recuperação dos valores concedidos indevidamente e consequentes juros.

O Estado Português iniciou a notificação às empresas beneficiárias da recuperação desses tais auxílios, tidos por indevidamente concedidos - e nessa medida, a serem reembolsados - tendo esse procedimento culminado na notificação de atos de liquidação adicionais em sede de IRC.

O procedimento de recuperação de auxílios de Estado considerados ilegalmente concedidos, em particular quando se trata de um regime fiscal estabelecido na lei, é bastante penoso para as entidades e empresas envolvidas, por não existir um enquadramento legal e procedimental claro, atendendo à convivência da legislação tributária nacional com normas europeias e orientações da Comissão Europeia, por vezes em contradição com as normas nacionais — motivo pelo qual é frequente que o Tribunal de Justiça da União Europeia (TJUE) seja chamado, em sede de reenvio prejudicial, a fornecer a orientação devida na aplicação dos regimes em jogo.

Nesse sentido, tendo igualmente sido instaurados processos de execução fiscal tendentes ao efetivo pagamento destas dívidas junto das entidades beneficiárias, têm surgido decisões judiciais, por parte dos tribunais portugueses, de que importa dar nota, muito em particular, agora, no que respeita (i) à prescrição destas dívidas e (ii) às garantias dos contribuintes no contexto dos processos de execução fiscal, em particular à possibilidade de suspensão do processo de execução com prestação - ou dispensa - de garantia.

A presente newsletter, debruçar-se-á sobre os mais recentes desenvolvimentos jurisprudenciais impactantes no procedimento de recuperação de auxílios, nomeadamente nas garantias dos contribuintes, em especial a existência de um prévio procedimento de inspeção tributária, e no procedimento prévio de análise da sua admissibilidade.

DA PRESCRIÇÃO DAS DÍVIDAS TRIBUTÁRIAS EM CONTEXTO DE RECUPERAÇÃO DE AUXÍLIOS DE ESTADO TIDOS POR INDEVIDOS

Em referência a este tema, cumpre salientar o recente Acórdão do Tribunal Central Administrativo Sul, no âmbito Acórdão de 16 de outubro de 2025 (Proc. n.º 249/25.3BEFUN), no qual este Tribunal se pronuncia sobre a aplicabilidade do prazo de prescrição, previsto no Regulamento (UE) 2015/1589, do Conselho, de 13 de julho de 2015, no âmbito da recuperação de auxílios de Estado.

O Tribunal Central Administrativo Sul veio clarificar que o prazo de prescrição de dez anos previsto no referido Regulamento europeu se aplica, apenas, às relações entre a Comissão Europeia e os Estados-Membros — e não às relações entre o Estado português e os beneficiários dos auxílios considerados indevidamente atribuídos. Quanto a estes últimos, decidiu o Tribunal que o prazo de prescrição aplicável se deverá reger pelas normas de direito interno, nomeadamente, na Lei Geral Tributária.

Assim, decidiu o Tribunal Central Administrativo Sul pela aplicabilidade, também nestes casos de recuperação de auxílios de Estado em matéria fiscal, do prazo de 8 anos do regime da prescrição que se encontra previsto nos artigos (48.º e 49.º) da Lei Geral Tributária.

Nesse caso concreto do Acórdão em causa, tratando-se a dívida referente a IRC do exercício de 2012, o Tribunal Central Administrativo decidiu que o facto tributário ocorreu em 31 de dezembro de 2012, pelo que o prazo de prescrição, iniciado em 1 de janeiro de 2013, teria terminado em 31 de dezembro de 2020, sem que se tivessem verificado causas válidas de suspensão ou interrupção, atendendo a que a citação para o processo de execução fiscal ocorreu, apenas, em 2025.

Entretanto, em 31 de outubro de 2025, foi também proferido Despacho no âmbito do Processo n.º C-24/25, pelo TJUE (Sétima Secção). Neste processo, e não obstante a questão prejudicial em causa ser referente à caducidade do direito à liquidação, entendeu o TJUE que a resposta à questão submetida era claramente deduzida da jurisprudência, decidindo, assim, nesse sentido, que a Comissão Europeia pod(ia) sempre solicitar a recuperação de um auxílio ilegal dentro do prazo de prescrição de dez anos previsto no artigo 17.°, n.º 1, do Regulamento 2015/1589, ainda que o prazo de prescrição ou de caducidade previsto no direito nacional já tenha decorrido.

Nesse momento, ficou claro também que, para o TJUE, no contexto deste procedimento específico, o direito europeu se opunha à aplicação de um prazo de caducidade nacional à recuperação de um auxílio quando esse prazo tivesse expirado ainda antes da adoção da decisão da Comissão Europeia que declara esse auxílio ilegal e que ordena a sua recuperação.

Restará aguardar por mais desenvolvimentos, nomeada e especificamente, agora, quanto à situação de se tratar de um prazo de prescrição que termine já depois de notificada a Decisão de recuperação de auxílio de Estado ilegal por parte da Comissão Europeia.

DAS GARANTIAS PROCESSUAIS DOS BENEFICIÁRIOS DOS AUXÍLIOS DE ESTADO TIDOS POR INDEVIDAMENTE CONCEDIDOS

No contexto da instauração de processos de execução fiscal tendentes à recuperação das alegadas dívidas fiscais resultantes do procedimento de recuperação de auxílios de Estado, a Administração tributária tem manifestado a interpretação de que as normas internas referentes à suspensão destes processos, com ou sem prestação de garantia, nos termos do direito tributário nacional, não são aplicáveis ao caso.

Sustenta a Administração tributária que a suspensão do processo de execução fiscal, bem como a possibilidade de pagamento com recurso a plano de prestações, colidem com um alegado imperativo de recuperação imediata e efetiva dos auxílios de Estado tidos por indevidamente concedidos.

Esta posição mereceu acolhimento no Tribunal Administrativo e Fiscal do Funchal, o qual, numa primeira fase, decidiu que as normas de direito interno, substantivas ou processuais, que possam constituir obstáculo à recuperação imediata de auxílios de Estado, têm de ser desaplicadas por força do princípio do primado do Direito da UE sobre o Direito interno, pelo que o regime que prevê os fundamentos da oposição à execução deve ser afastado nas situações, como a presente, em que está em causa um processo de execução fiscal para recuperação de auxílios de Estado considerados ilegais, uma vez que tal regime obsta à efetiva e imediata recuperação desse auxílio de Estado.

Porém, o Supremo Tribunal Administrativo adotou posição diversa, em Acórdão, de 3 de julho de 2024, proferido no âmbito do processo n.º 088/24.9BEFUN. Neste Acórdão, o Supremo Tribunal Administrativo decidiu, em suma, que nada impedia a aplicação das garantias processuais de direito interno no contexto da recuperação executiva de auxílios de Estado tidos por indevidos.

Assim, na natural sequência de processos de oposição ou reclamação judicial no âmbito dos processos de execução fiscal, multiplicou-se a discussão referente à aplicabilidade das normas e garantias dos contribuintes previstas no direito interno.
Neste sentido, estão atualmente pendentes no Supremo Tribunal Administrativo e no Tribunal Administrativo e Fiscal do Funchal diversos processos cujos litígios tem por objeto a mesma questão de fundo, tendo sido já formulado ao TJUE, no âmbito do processo n.º 299/24.7BEFUN, reenvio prejudicial que corre termos sob o n.º C-545/24.
Restará, também aqui, aguardar pelo desfecho dos processos em curso junto do TJUE, onde está a ser apreciado o afastamento das normas de direito interno e de natureza processual atinentes a garantias processuais dos beneficiários de auxílios de estado entendidos por indevidamente concedidos no âmbito da Zona Franca da Madeira – Regime III.

Cumpre assinalar, no entanto, que por via da suspensão dos processos de oposição judicial, também os processos de execução fiscal têm sido suspensos, por via judicial, até ao desfecho do processo.

Tendo presente o acima exposto, o Supremo Tribunal Administrativo entendeu submeter à apreciação do Tribunal de Justiça nova questão prejudicial sobre o tema em apreço para melhor contextualizar a dúvida já colocada e solicitar tramitação acelerada do processo (cf. o Acórdão do Supremo Tribunal Administrativo de 14 de janeiro de 2026 relativo ao processo n.º 0147/24.8BEFUN).

O Supremo Tribunal Administrativo fundamenta a necessidade de apresentar nova questão no teor das Conclusões do Advogado-Geral, apresentadas no passado dia 18 de dezembro de 2025. Considera o tribunal que não foi devidamente atendido o enquadramento da questão ao nível do Direito Constitucional Português. A nova questão colocada visa, por isso, clarificar se – e em que termos – os princípios da legalidade, da tipicidade e da reserva de lei em matéria fiscal condicionam o modo como o Estado cumpre a obrigação europeia de recuperar auxílios tido por indevidos.

Também, a 19 de dezembro de 2025, foi proferida decisão arbitral sobre a competência da Administração tributária para rever oficiosamente as liquidações de IRC dos beneficiários dos auxílios considerados indevidos, sem um prévio procedimento de inspeção tributária (cf Acórdão do CAAD no âmbito do processo n.º 360/2025-T).

O tribunal considerou ilegal a liquidação adicional de IRC por não ter resultado de prévio procedimento de inspeção tributária, remetendo para a fundamentação do Acórdão do Supremo Tribunal Administrativo de 3 de julho de 2024 relativo ao Proc. n.º 088/24.9BEFUN, favorável à aplicação das garantias processuais de direito interno no contexto da recuperação executiva de auxílios de Estado tidos por indevidos, acima mencionado.

Vislumbra-se uma tensão entre a jurisdição nacional e europeia, impondo-se ao Tribunal de Justiça encontrar uma concordância prática entre os princípios aparentemente em confronto - o princípio da tipicidade e da determinação, visto existir reserva de lei absoluta da Assembleia da República para qualquer alteração às garantias dos contribuintes, e o princípio de Direito da União Europeia de proteção do mercado único.

DA ADMISSIBILIDADE DE AUXÍLIOS AO ABRIGO DO REGIME III

A Comissão Europeia considera que o Regime III, aprovado pela própria, visa compensar empresas que exercem a sua atividade económica na Madeira pelos custos adicionais decorrentes das desvantagens estruturais da região - grande afastamento, insularidade, pequena superfície, relevo e clima difíceis, dependência económica em relação a um pequeno número de produtos; e contribuir efetivamente para o desenvolvimento regional, designadamente pela criação e manutenção de postos de trabalho na Madeira.

Como tal, considera relevantes para o cálculo da redução de imposto sobre o rendimento das empresas apenas os lucros resultantes de atividades diretamente afetadas por esses custos adicionais e os postos de trabalho criados e mantidos afetos a essas atividades.

Enquanto indicador de uma contribuição efetiva para o desenvolvimento regional e, consequentemente, da validade do auxílio concedido, o número de empregos criados e mantidos que contribuem para as atividades efetiva e materialmente realizadas na Madeira pelos beneficiários em cada exercício deverá, no entendimento da Comissão Europeia, basear-se num método objetivo e comprovado utilizado em matéria de auxílios de Estado.

Ainda que estejam em causa auxílios regionais ao funcionamento, denota que o método por si utilizado para efeitos do cálculo dos montantes de auxílios regionais ao investimento é o número de postos de trabalho em unidades de trabalho anuais (UTA) - o número de trabalhadores a tempo inteiro durante um ano, representando o trabalho a tempo parcial e o trabalho sazonal frações de UTA e, por isso, considera o método UTA nas medidas destinadas à recuperação dos auxílios considerados indevidos pelo Estado Português.

O método abrange todos os tipos de relações e contratos de trabalho (e.g. trabalho permanente ou temporário, trabalhadores e membros do conselho de administração abrangidos por vários contratos de trabalho com empresas diferentes, teletrabalhadores).

Do exposto, a Administração tributária interpretou que a análise de admissibilidade dos auxílios concedidos tem por base o número de postos de trabalho em UTA de cada beneficiário.

No passado dia 13 de novembro de 2025, foram proferidos os acórdãos do Tribunal de Justiça relativos aos processos C‑9/24 P e C-13/24 P, ambos no âmbito de recursos interpostos por beneficiários de auxílios relativos à decisão integral da Comissão Europeia referente ao Regime III, negando-lhes provimento.

Entendeu o Tribunal de Justiça no âmbito do processo C‑9/24 P negar provimento, designadamente, por considerar que a Comissão Europeia não estabeleceu qualquer método para aferir o número de postos de trabalho, exigindo somente que seja objetivo e verificável. Salienta que compete às autoridades nacionais demonstrar que o método que aplicarem permite delimitar o tempo efetivamente despendido pelas pessoas em exercício de funções nas empresas registadas na ZFM no âmbito de atividades afetadas pelos custos adicionais resultantes do seu exercício na região.

Portanto, podemos inferir que a fundamentação de liquidações adicionais de IRC recorrendo ao método UTA sem base legal por alegada imposição das autoridades europeias perde sentido.

Já o Acórdão do Tribunal de Justiça relativo ao processo C-13/24 P, ao negar provimento, afirma que as empresas que pretendam beneficiar de auxílios podem investir no estrangeiro, desenvolver uma atividade internacional e exercer atividades ou empregar pessoas fora da região. Contudo, os lucros gerados por atividades não efetivas e materialmente realizadas na Madeira não devem ser considerados no cálculo dos auxílios ao abrigo do Regime III porque resultam de atividades não afetadas pelos custos adicionais que oneram as que são exercidas na região.

CONCLUSÕES

O atual estado de aplicação e de controlo do regime de auxílios da Zona Franca da Madeira (Regime III) continua a gerar relevantes incertezas jurídicas, tanto para as empresas beneficiárias como para a própria Administração tributária.

Tal deve-se, em grande medida, à coexistência de normas de direito europeu em matéria de auxílios de Estado com as normas do direito tributário nacional. A ausência de um regime processual autónomo para a execução e recuperação destes auxílios de Estado em matéria fiscal coloca os contribuintes num quadro de instabilidade jurídica, que é sobremaneira agravado quando esta indefinição abrange importantes direitos e garantias dos contribuintes, como é o caso da aplicabilidade de regras de prescrição, ou da caducidade e de outras, como a possibilidade de suspensão dos processos de execução fiscal, com ou sem dispensa de prestação de garantia, bem como o acesso a planos de pagamento prestacionais.

O citado Acórdão do Tribunal Central Administrativo Sul, de 16 de outubro de 2025, assume aqui particular relevância na delimitação do âmbito de aplicação dos prazos de prescrição em matéria tributária, distinguindo, de forma clara entre as dívidas fiscais sujeitas ao prazo geral de oito anos previsto na Lei Geral Tributária e as obrigações de restituição de auxílios de Estado.

Cremos, porém, que esta matéria virá, ainda, a ser objeto de apreciação concreta por parte do TJUE, o qual, até então já decidiu, de modo claro, pela inaplicabilidade das normas referentes à caducidade do direito à liquidação quando esta ocorre em momento prévio ao da notificação da decisão de recuperação da Comissão Europeia.

Mas por seu turno, o Supremo Tribunal Administrativo tem reafirmado que o primado do direito da União não exclui, por si só, a aplicação das normas processuais nacionais de defesa e garantia do contribuinte, devendo ser preservado o equilíbrio entre a eficácia da recuperação e a tutela jurisdicional efetiva. Porém, a pendência de diversos processos no TJUE (designadamente o referido processo C-545/24) demonstra que o enquadramento jurídico da recuperação de auxílios de Estado em contexto fiscal continua em evolução.

Adicionalmente, o reconhecimento da ausência de método de aferição do número de postos de trabalho em cada exercício fiscal na análise de admissibilidade de auxílios concedidos, tanto há data decisão integral da Comissão Europeia referente ao Regime III como na própria decisão, reforça a posição que considera serem nulas as liquidações de IRC já praticadas tendo por base exclusivamente o conteúdo dessa decisão.

As decisões dos tribunais que vierem a ser proferidas poderão vir a (re)definir os limites da intervenção nacional, quer quanto à aplicabilidade das normas de prescrição, quer quanto ao alcance das garantias dos contribuintes.

Até que sejam fixadas as orientações definitivas pelo TJUE, as empresas afetadas devem naturalmente atuar com especial prudência, sendo essencial monitorizar os prazos de prescrição e acompanhar, de perto, os processos judiciais e administrativos em curso, procurando-se salvaguardar as garantias de defesa das entidades beneficiárias, neste contexto, muito particular, da recuperação de montantes que lhes estão a ser pedidos por terem feito fé na lei nacional e práticas administrativas existentes.

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Rogério Fernandes Ferreira
Álvaro Silveira de Meneses
Miriam Campos Dionísio
João de Freitas Jacob
José Sousa Guerreiro
Mafalda Andrade
Lara Fernandes da Silva
Joana Fidalgo Barreiro