Le recouvrement des aides incompatibles avec le droit de l’Union européenne dans la Zone Franche de Madère (ZFM) reste une procédure entachée d’importantes incertitudes juridiques.
Récemment, on a assisté à une multiplication de décisions de juridictions nationales apportant des éclaircissements importants concernant l’application des garanties des contribuables. Les juridictions supérieures se sont montrées favorables à la sauvegarde des droits des entités bénéficiaires. Plusieurs autres affaires en cours devant la CJUE pourraient avoir un impact significatif sur l’application juridique harmonisée des règles en cause.

CONTEXTE

La décision finale de la Commission Européenne concernant le régime d'aides accordées aux entreprises de la Zone Franche de Madère – le régime ZFM – Régime III– a été publiée en 2022. Dans cette décision, la Commission Européenne a estimé, pour les motifs qui y sont exposés, que ce régime était appliqué en violation du droit de l'Union en matière d'aides d'État, imposant ainsi à l'État Portugais l'obligation de récupérer les montants indûment versés ainsi que les intérêts y afférents.

L'État Portugais a commencé à notifier aux entreprises bénéficiaires la récupération de ces aides, considérées comme ayant été octroyées illégalement – et, à ce titre, devant être remboursées - un processus qui a abouti à la notification d'avis d'imposition supplémentaires au titre de l'impôt sur les sociétés.

La procédure de récupération des aides d'État considérées comme ayant été octroyées illégalement, en particulier lorsqu'il s'agit d'un régime fiscal établi par la loi, est extrêmement lourde pour les entités et les entreprises concernées, car il n'existe pas de cadre juridique et procédural clair, compte tenu de la coexistence de la législation fiscale nationale avec les règles de l'Union Européenne et les lignes directrices de la Commission Européenne, qui sont parfois en contradiction avec les règles nationales — raison pour laquelle la Cour de Justice de l'Union Européenne (CJUE) est fréquemment appelée, dans le cadre de renvois préjudiciels, à fournir les orientations nécessaires quant à l’application des régimes en question.

À cet égard, des procédures de recouvrement fiscal ayant également été engagées pour garantir le paiement effectif de ces dettes par les entités bénéficiaires, des décisions judiciaires particulièrement notables ont été rendues par les tribunaux portugais concernant (i) le délai de prescription de ces dettes et (ii) les garanties des contribuables dans le cadre des procédures de recouvrement fiscal, en particulier la possibilité de suspendre les procédures de recouvrement dès lors qu’une garantie est fournie – ou qu’il y a renonciation à celle-ci.

La présente newsletter se concentrera sur les développements jurisprudentiels les plus récents et significatifs concernant la procédure de recouvrement des aides d’État, notamment en ce qui concerne les garanties des contribuables, en particulier l’existence d’une procédure de contrôle fiscal préalable, et la procédure préliminaire d’évaluation de l’admissibilité des aides d’État.

LE DÉLAI DE PRESCRIPTION DES CRÉANCES FISCALES DANS LE CADRE DU RECOUVREMENT D’AIDES D’ÉTAT JUGÉS ILLÉGALES

Il convient de mentionner le récent arrêt rendu par le Tribunal Central Administratif Sud le 16 octobre 2025 (affaire n° 249/25.3BEFUN), dans lequel la Cour s'est prononcée sur l'applicabilité du délai de prescription prévu par le règlement (UE) 2015/1589 du Conseil du 13 juillet 2015, dans le cadre du recouvrement d'aides d'État.

Le Tribunal Central Administratif Sud a précisé que le délai de prescription de dix ans prévus par le règlement de l’UE susmentionné ne s’applique qu’aux relations entre la Commission Européenne et les États Membres — et non aux relations entre l’État portugais et les bénéficiaires d’aides jugées illégalement octroyées. En ce qui concerne ces derniers, le tribunal a jugé que le délai de prescription applicable doit être régi par les règles du droit interne.

En conséquence, le Tribunal Central Administratif Sud a jugé que, dans ces affaires de récupération d'aides d'État en matière fiscale, le délai de prescription de huit ans prévus par la législation nationale s'applique également.

Dans le cas d'espèce, la dette portant sur l'impôt sur les sociétés pour l'exercice 2012, le Tribunal Central Administratif a estimé que le fait générateur de l'impôt était survenu le 31 décembre 2012 ; par conséquent, le délai de prescription, qui a commencé à courir le 1er janvier 2013, aurait expiré le 31 décembre 2020, en l’absence de motifs valables de suspension ou d’interruption, étant donné que les avis relatifs à la procédure de recouvrement fiscal n’ont été signifiés qu’en 2025.

Par ailleurs, le 31 octobre 2025, une ordonnance a également été rendue dans l’affaire C-24/25 par la CJUE (septième chambre). Dans cette affaire, et nonobstant le fait que la question préjudicielle portait sur l’extinction du droit d’imposition, la CJUE a estimé que la réponse à la question posée découlait clairement de la jurisprudence, décidant ainsi que la Commission Européenne pouvait toujours demander le recouvrement d’une aide illégale dans le délai de prescription de dix ans prévu à l’article 17, paragraphe 1, du règlement 2015/1589, même si le délai de prescription ou d’expiration prévu par le droit national avait déjà expiré.

Il est également apparu clairement que, pour la CJUE, dans le cadre de cette procédure spécifique, le droit de l'Union s'opposait à l'application d'un délai de prescription national au recouvrement d'une aide lorsque ce délai avait expiré avant même l'adoption de la décision de la Commission Européenne déclarant cette aide illégale et ordonnant son recouvrement.

Il reste à voir comment la situation évoluera, notamment en ce qui concerne le cas où un délai de prescription expire après que la Commission Européenne a notifié sa décision ordonnant la récupération d’une aide d’État illégale.

GARANTIES PROCÉDURALES POUR LES BÉNÉFICIAIRES D’AIDES D’ÉTAT JUGÉES ILLÉGALES

Dans le cadre de l’ouverture d’une procédure de recouvrement visant des créances fiscales présumées issues de la récupération d’aides d’État, les autorités fiscales ont estimé que les règles nationales relatives à la suspension de cette procédure, avec ou sans constitution de garantie, ne s’appliquaient pas en l’espèce.

Les autorités fiscales soutiennent que la suspension des procédures de recouvrement fiscal, ainsi que la possibilité d’un paiement échelonné, sont en contradiction avec une prétendue exigence de recouvrement immédiat et effectif des aides d’État jugées illégalement octroyées.

Cette position a été confirmée par le Tribunal Administratif et Fiscal de Funchal qui, en première instance, a jugé que les règles de droit interne, qu’elles soient de fond ou de procédure, susceptibles de constituer un obstacle au recouvrement immédiat des aides d’État, doivent être écartées en vertu du principe de la primauté du droit de l’UE sur le droit interne, et que, par conséquent, le régime définissant les motifs d’opposition à l’exécution doit être écarté dans des situations, telles que celle en l’espèce, où une procédure d’exécution fiscale est en cause pour le recouvrement d’aides d’État jugées illégales, dès lors qu’un tel régime empêche le recouvrement effectif et immédiat de ces aides d’État.

Cependant, la Suprême Tribunal Administratif a adopté une position différente dans son arrêt du 3 juillet 2024, rendu dans l'affaire n° 088/24.9BEFUN. Dans cet arrêt, le Suprême Tribunal Administratif a jugé, en substance, que rien n'empêchait l'application des garanties procédurales prévues par le droit interne dans le cadre du recouvrement coercitif d'aides d'État jugées indues.

En conséquence, dans le prolongement naturel des procédures d’opposition ou des recours judiciaires dans le cadre des procédures de recouvrement fiscal, un débat intense a eu lieu concernant l’applicabilité des règles et des garanties des contribuables prévues par le droit interne.

Plusieurs affaires sont actuellement pendantes devant le Suprême Tribunal Administratif et le tribunal administratif et fiscal de Funchal, les litiges en cause portant sur la même question fondamentale ; une demande de décision préjudicielle a déjà été adressée à la CJUE, dans le cadre de l’affaire n° 299/24.7BEFUN, actuellement pendante sous le numéro d’affaire C-545/24.

Ainsi, ici aussi, il convient d’attendre l’issue de la procédure en cours devant la CJUE, qui porte sur la dérogation aux règles de procédure nationales relatives aux garanties procédurales accordées aux bénéficiaires d’aides d’État jugées illégalement octroyées au titre du régime ZFM.

Il convient toutefois de noter qu’en raison de la suspension des procédures d’opposition judiciaire, les procédures de recouvrement fiscal ont également été suspendues par les tribunaux jusqu’à l’issue de l’affaire n° C-545/24.
Compte tenu de ce qui précède, le Suprême Tribunal Administratif a décidé de saisir la Cour de justice d’une nouvelle question préjudicielle sur ce point afin de mieux replacer dans son contexte le doute déjà soulevé et de demander une procédure d’urgence (voir l’arrêt de Suprême Tribunal Administratif du 14 janvier 2026 dans l’affaire n° 0147/24.8BEFUN).

Le Suprême Tribunal Administratif fonde la nécessité de poser une nouvelle question sur le contenu des conclusions de l’avocat général, rendues le 18 décembre 2025. Le Suprême Tribunal estime que le contexte de la question au regard du droit constitutionnel portugais n’a pas été suffisamment pris en compte. La nouvelle question soulevée vise donc à clarifier si – et dans quelle mesure – le principe de la légalité de l’imposition, tel qu’il existe dans l’ordre juridique national, influence la manière dont l’État s’acquitte de son obligation européenne de récupérer les aides jugées illégales.

Par ailleurs, le 19 décembre 2025, une décision d’arbitrage a été rendue concernant le pouvoir des autorités fiscales de réexaminer d’office les avis d’imposition à l’impôt sur les sociétés des bénéficiaires d’aides jugées illégales, sans procédure préalable de contrôle fiscal (voir l’arrêt du CAAD dans l’affaire n° 360/2025-T).

La Cour a jugé illégale la mise en recouvrement supplémentaire de l'impôt sur les sociétés, au motif qu'elle ne résultait pas d'une procédure de contrôle fiscal préalable, en se référant au raisonnement exposé dans l'arrêt du Suprême Tribunal Administratif du 3 juillet 2024 dans l'affaire n° 088/24.9BEFUN, qui soutient l'application des garanties procédurales prévues par le droit national dans le cadre du recouvrement coercitif des aides d'État jugées indues, comme mentionné ci-dessus.

Il en résulte donc une tension entre la juridiction nationale et celle de l’Union Européenne, qui oblige la Cour de justice à trouver un équilibre pratique entre des principes apparemment contradictoires : le principe de légalité fiscale, étant donné que le législateur national dispose d’une prérogative législative absolue sur toute modification des garanties accordées aux contribuables, et le principe du droit de l’Union européenne relatif à la protection du marché unique.

SUR LA RECEVABILITÉ DES AIDES AU TITRE DU RÉGIME III

La Commission Européenne considère que le Régime III, qu'elle a approuvé, vise à compenser les coûts supplémentaires supportés par les entreprises exerçant leurs activités économiques à Madère en raison des handicaps structurels de la région – éloignement, insularité, petite taille, relief et climat difficiles, et dépendance économique vis-à-vis d'un petit nombre de produits – et à contribuer efficacement au développement régional, notamment par la création et le maintien d'emplois à Madère.

À ce titre, elle considère que seuls les bénéfices résultant d’activités directement affectées par ces coûts supplémentaires et les emplois créés et maintenus en lien avec ces activités sont pertinents pour le calcul de la réduction de l’impôt sur les sociétés.

En tant qu’indicateur d’une contribution effective au développement régional et, par conséquent, de la validité de l’aide octroyée, le nombre d’emplois créés et maintenus qui contribuent aux activités effectivement et concrètement exercées à Madère par les bénéficiaires au cours de chaque exercice financier devrait, selon la Commission Européenne, reposer sur une méthode objective et éprouvée utilisée dans le domaine des aides d’État.

Bien que soient en cause des aides régionales au fonctionnement, il ressort que la méthode utilisée pour le calcul des montants des aides régionales à l’investissement repose sur le nombre de postes de travail exprimés en unités de travail annuelles (UTA) — correspondant au nombre de travailleurs à temps plein sur une année, le travail à temps partiel et le travail saisonnier étant comptabilisés comme des fractions d’UTA — et, dès lors, cette méthode UTA est retenue dans le cadre des mesures visant à la récupération des aides considérées comme indues par l’État portugais..

Cette méthode couvre tous les types de relations de travail et de contrats (par exemple, les emplois permanents ou temporaires, les salariés et les membres de conseils d'administration liés par divers contrats de travail avec différentes entreprises, les télétravailleurs).

Compte tenu de ce qui précède, les autorités fiscales portugaises ont estimé que l'évaluation de l'admissibilité de l'aide octroyée repose sur le nombre d'emplois dans les ALU pour chaque bénéficiaire.

Le 13 novembre 2025, la Cour de justice a rendu ses arrêts dans les affaires C‑9/24 P et C-13/24 P, toutes deux concernant des pourvois formés par des bénéficiaires d’aides contre la décision finale de la Commission Européenne relative au régime III, rejetant les pourvois.

Dans l’affaire C-9/24 P, la Cour de justice a rejeté le pourvoi, notamment au motif que la Commission Européenne n’avait pas défini de méthode d’évaluation du nombre d’emplois, exigeant seulement que celle-ci soit objective et vérifiable. Elle souligne qu’il appartient aux autorités nationales de démontrer que la méthode qu’elles appliquent permet de déterminer le temps effectivement consacré par les personnes exerçant des fonctions dans des entreprises enregistrées dans la ZFM dans le cadre d’activités affectées par les coûts supplémentaires résultant de leur exploitation dans la région.

On peut donc en déduire que la justification des redressements fiscaux supplémentaires au titre de l’impôt sur les sociétés, effectués selon la méthode UTA sans fondement juridique, au motif d’une prétendue imposition par les autorités de l’UE, perd tout son sens.

Dans son arrêt rendu dans l’affaire C-13/24 P, la Cour de justice, en rejetant le pourvoi, précise que les entreprises souhaitant bénéficier d’aides peuvent investir à l’étranger, exercer des activités internationales et mener des activités commerciales ou employer du personnel en dehors de la région. Toutefois, les bénéfices générés par des activités qui ne sont pas effectivement et concrètement exercées à Madère ne doivent pas être pris en compte dans le calcul des aides au titre du régime ZFM, car ils résultent d’activités qui ne sont pas affectées par les coûts supplémentaires supportés par celles qui sont exercées dans la région.

CONCLUSION

L'état actuel de la mise en œuvre et du contrôle du régime d'aides de la Zone Franche de Madère (régime ZFM) continue de susciter d'importantes incertitudes juridiques, tant pour les entreprises bénéficiaires que pour les autorités fiscales portugaises elles-mêmes.

Cette situation est largement due à la coexistence des règles de l'Union Européenne en matière d'aides d'État et du droit fiscal national. L'absence d'un cadre procédural autonome pour l'exécution et le recouvrement de ces aides d'État en matière fiscale place les contribuables dans une situation d'incertitude juridique, qui est particulièrement exacerbée lorsque ce manque de clarté affecte des droits et garanties importants des contribuables, tels que l'applicabilité des règles de prescription ou l'extinction des droits, et d'autres, comme la possibilité de suspendre les procédures d'exécution fiscale, avec ou sans obligation de fournir des garanties, ainsi que l'accès à des plans de paiement échelonné.

L'arrêt précité du Tribunal Central Administratif Sud du 16 octobre 2025 revêt ici une importance particulière pour définir le champ d'application des délais de prescription en matière fiscale, en établissant une distinction claire entre les créances fiscales soumises au délai général de huit ans prévus par la législation nationale et l'obligation de rembourser les aides d'État.

Nous estimons toutefois que cette question fera encore l’objet d’un examen spécifique par la CJUE, qui s’est jusqu’à présent clairement prononcée sur l’inapplicabilité des règles relatives à l’extinction du droit d’imposition lorsque celle-ci intervient avant la notification de la décision de recouvrement de la Commission Européenne.

Pour sa part, le Suprême Tribunal Administratif a toutefois réaffirmé que la primauté du droit de l’Union n’exclut pas, en soi, l’application des règles de procédure nationales relatives aux droits de la défense et aux garanties du contribuable, et qu’un équilibre doit être maintenu entre l’efficacité de la récupération et une protection juridictionnelle effective. Toutefois, le fait que plusieurs affaires soient en cours devant la CJUE (notamment l’affaire C-545/24 précitée) démontre que le cadre juridique du recouvrement des aides d’État dans un contexte fiscal continue d’évoluer.

En outre, la reconnaissance de l’absence de méthode permettant de déterminer le nombre d’emplois pour chaque exercice financier lors de l’évaluation de la recevabilité de l’aide octroyée – tant au moment de la décision finale de la Commission Européenne sur le régime ZFM que dans la décision elle-même – renforce la position selon laquelle les avis d’imposition sur le revenu des sociétés déjà établis sur la seule base de cette décision sont nuls et non avenus.

De futures décisions judiciaires pourraient venir (re)définir les limites de l'intervention nationale, tant en ce qui concerne l'applicabilité des règles de prescription que la portée des garanties des contribuables.

Jusqu’à ce que la CJUE établisse des lignes directrices définitives, les entreprises concernées doivent naturellement agir avec une prudence particulière ; il est essentiel de surveiller les délais de prescription et de suivre de près les procédures judiciaires et administratives en cours, en cherchant à préserver les droits de la défense des entités bénéficiaires, dans ce contexte très spécifique de recouvrement des aides qui leur sont réclamées pour s’être fondées sur le droit national et les pratiques administratives existantes.

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Rogério Fernandes Ferreira
Álvaro Silveira de Meneses
Miriam Campos Dionísio
João de Freitas Jacob
José Sousa Guerreiro
Mafalda Andrade
Lara Fernandes da Silva
Joana Fidalgo Barreiro

Romy Alfredo Bouery
Luís Costa Nogueira
Judicael Camenen
(French Desk)